MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi N40 plasmid N40_lp54

Total Repeats: 369

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013130	TTA	2	6	3	8	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013130	TAA	2	6	15	20	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013130	TCT	2	6	25	30	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_013130	ATA	2	6	77	82	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013130	ATTTTT	2	12	85	96	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013130	TAAAAA	2	12	101	112	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013130	TAC	2	6	114	119	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_013130	T	8	8	133	140	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013130	A	6	6	141	146	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013130	TAA	2	6	167	172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013130	TA	3	6	181	186	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013130	TAA	2	6	245	250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013130	AAG	2	6	269	274	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013130	AAAT	2	8	308	315	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013130	TAT	2	6	384	389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013130	AATT	2	8	408	415	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013130	TCT	2	6	470	475	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_013130	TCT	2	6	491	496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_013130	TAT	2	6	523	528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013130	GCAA	2	8	530	537	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_013130	TTGC	2	8	560	567	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_013130	ATTAAT	2	12	573	584	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013130	TTA	2	6	585	590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013130	ATA	2	6	635	640	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013130	TAA	2	6	1134	1139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013130	ATA	2	6	1143	1148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013130	AATTAA	2	12	1162	1173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013130	CCT	2	6	1260	1265	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_013130	TAA	2	6	1305	1310	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013130	ATT	2	6	1315	1320	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013130	TAA	2	6	1348	1353	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013130	TAA	3	9	1355	1363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013130	ATT	2	6	1366	1371	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013130	ATT	2	6	1393	1398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013130	TAAT	2	8	1415	1422	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013130	AAT	3	9	1420	1428	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013130	TAAT	2	8	1985	1992	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013130	A	6	6	1995	2000	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013130	TCTA	2	8	2916	2923	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_013130	ATT	2	6	2946	2951	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013130	AGA	2	6	2952	2957	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013130	A	7	7	2976	2982	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013130	ATT	2	6	4272	4277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013130	TAAA	2	8	4282	4289	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013130	TACA	2	8	4304	4311	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_013130	ATGT	2	8	4316	4323	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013130	TAA	2	6	4370	4375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013130	T	7	7	4380	4386	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013130	A	7	7	4391	4397	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013130	TAAA	2	8	4413	4420	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013130	TAA	2	6	4441	4446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013130	A	6	6	4460	4465	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013130	TAA	2	6	4470	4475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013130	ATT	2	6	4481	4486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013130	TAA	2	6	4487	4492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013130	AAATTT	2	12	4544	4555	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013130	A	7	7	4579	4585	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013130	CTTAAG	2	12	4616	4627	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_013130	TAAAAA	2	12	4647	4658	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013130	CA	4	8	5143	5150	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_013130	TAT	2	6	5155	5160	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013130	TAAA	2	8	5184	5191	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013130	T	6	6	5193	5198	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013130	A	8	8	5199	5206	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013130	AT	3	6	5218	5223	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013130	ATA	2	6	5237	5242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013130	ATAA	2	8	8240	8247	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013130	CTTTT	2	10	9236	9245	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_013130	T	7	7	9270	9276	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013130	A	6	6	9281	9286	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013130	TTAA	2	8	9321	9328	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013130	TTA	2	6	9347	9352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013130	ATTTT	2	10	9355	9364	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013130	T	8	8	9361	9368	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013130	TATAA	2	10	9397	9406	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013130	AT	3	6	9444	9449	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013130	TA	3	6	11173	11178	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013130	C	6	6	11185	11190	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
79	NC_013130	TTA	2	6	11220	11225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013130	TA	3	6	11244	11249	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013130	AGG	2	6	11284	11289	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013130	AAT	2	6	11319	11324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013130	TAA	2	6	11449	11454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013130	TGAA	2	8	11493	11500	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013130	ATAA	3	12	11503	11514	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013130	AAT	2	6	11515	11520	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013130	TAA	2	6	11530	11535	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013130	TAA	2	6	11551	11556	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013130	TAAA	2	8	11568	11575	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013130	AAT	2	6	11590	11595	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013130	TAT	2	6	11614	11619	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013130	TTA	2	6	11620	11625	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013130	TTA	2	6	11630	11635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013130	ACTT	2	8	11641	11648	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_013130	T	8	8	11686	11693	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013130	T	6	6	11695	11700	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013130	TACTT	2	10	11710	11719	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_013130	T	6	6	11718	11723	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013130	ATTA	2	8	11737	11744	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013130	ACT	2	6	11761	11766	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_013130	AGG	2	6	14359	14364	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013130	ATTT	2	8	14921	14928	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013130	TTTGA	2	10	15065	15074	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013130	T	6	6	15083	15088	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013130	T	7	7	15135	15141	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013130	A	6	6	15158	15163	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013130	ATT	2	6	15365	15370	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013130	TTG	2	6	15877	15882	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013130	TAACTT	2	12	15883	15894	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_013130	TTG	2	6	15932	15937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013130	TTGG	2	8	15992	15999	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013130	TGT	2	6	16026	16031	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013130	T	8	8	16629	16636	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013130	TAA	2	6	16643	16648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013130	AGC	2	6	16650	16655	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_013130	TAA	2	6	16666	16671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013130	CCT	2	6	17308	17313	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_013130	TTAAAT	2	12	17328	17339	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013130	ATAAA	3	15	17360	17374	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013130	TTAG	2	8	17375	17382	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013130	TTTTA	2	10	17437	17446	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013130	ATTTT	2	10	17464	17473	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013130	TAT	2	6	17474	17479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013130	AAT	2	6	17638	17643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013130	T	7	7	17730	17736	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013130	AAG	2	6	17797	17802	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013130	T	6	6	17808	17813	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013130	T	6	6	17836	17841	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013130	TTA	2	6	17896	17901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013130	AAC	2	6	17930	17935	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_013130	T	7	7	17938	17944	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013130	AAT	2	6	17994	17999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013130	AT	3	6	18018	18023	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013130	TTA	2	6	18063	18068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013130	TAT	2	6	18073	18078	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013130	A	6	6	18083	18088	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013130	AATTA	2	10	18100	18109	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013130	A	6	6	18118	18123	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013130	TTAA	2	8	18154	18161	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013130	TAAT	2	8	20159	20166	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013130	T	6	6	20214	20219	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013130	A	6	6	20314	20319	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013130	A	6	6	20333	20338	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013130	T	8	8	20378	20385	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_013130	T	10	10	20390	20399	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013130	ATT	2	6	20407	20412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013130	TAATT	2	10	20424	20433	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_013130	TAT	2	6	20436	20441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013130	TAT	2	6	20459	20464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_013130	T	6	6	20475	20480	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_013130	T	7	7	20506	20512	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_013130	A	7	7	20549	20555	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_013130	T	8	8	20581	20588	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_013130	AG	3	6	20592	20597	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_013130	ATTT	2	8	20692	20699	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_013130	T	6	6	20697	20702	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_013130	A	6	6	20942	20947	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_013130	TTA	2	6	20954	20959	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_013130	TTA	2	6	20963	20968	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_013130	ATA	2	6	20996	21001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_013130	T	6	6	21041	21046	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_013130	AAT	2	6	21057	21062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_013130	CCTT	2	8	23304	23311	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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169	NC_013130	TATTT	2	10	23389	23398	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_013130	T	8	8	23585	23592	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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180	NC_013130	T	6	6	23730	23735	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_013130	TAAT	2	8	25319	25326	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_013130	T	6	6	25356	25361	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_013130	TAA	2	6	25420	25425	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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205	NC_013130	AGAA	2	8	30680	30687	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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299	NC_013130	T	7	7	46479	46485	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_013130	ATTA	2	8	47332	47339	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_013130	ATA	3	9	47353	47361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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303	NC_013130	ATT	3	9	47394	47402	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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305	NC_013130	ATTT	2	8	47454	47461	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
306	NC_013130	A	9	9	47481	47489	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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320	NC_013130	ATTA	2	8	49373	49380	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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325	NC_013130	ATTT	2	8	49465	49472	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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335	NC_013130	A	6	6	50318	50323	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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354	NC_013130	TTTA	2	8	51753	51760	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
355	NC_013130	ATA	2	6	51796	51801	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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357	NC_013130	AT	3	6	52611	52616	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.